В 1844 году был утвержден новый образцовый проект мечети — прямоугольной в плане, перекрытой куполом, с пристроенным к северному торцовому фасаду минаретом. Этот проект, подобно своему предшественнику, также обнаруживает знакомство с историей мусульманского зодчества, но восходит к иным, хотя тоже древним образцам первых арабских мечетей Египта и Туниса. Однако слишком сложный и дорогой для*, строительства в сельских поселениях проект вызывал неудовольствие, и после многочисленных просьб в 1861 году вышел закон «О дозволении строить магометанские сельские мечети не по утвержденным в 1844 году для мечетей планам и фасадам»! Следование образцовому проекту перестало считаться обязательным. С 1861 года из формулировки исчезли уточняющие слова о сельских мечетях, и в Строительный устав она вошла в следующем виде: «Новые мечети… строятся по планам и фасадам, каковые прихожанами будут признаны удобными, но с тем, когда постройка мечетей предполагается не по Высочайше утвержденным чертежам 1844 года, особые проекты были каждый раз утверждаемы местными губернскими правлениями (по строительным отделениям. Таким образом, образцовое проектирование небольших дешевых православных церквей и сельских мечетей шло в прямо противоположном направлении: в первом случае по линии расширения объемов образцового проектирования, во втором — отказа от него. Иным путем развивалось культовое зодчество мусульман Кавказа, прежде всего в Азербайджане. Оно сформировалась в ином культурном регионе и в иных климатических условиях. Главная причина заключалась, конечно, в укоренившейся здесь с VII века (со времени завоевания арабами) архитектурной традиции и в установлении тесных связей с Османской империей.

Зодчество Азербайджана представляет самостоятельную ветвь мусульманского зодчества Передней Азии и представлено несколькими самостоятельными школами. Наиболее распространен в Азербайджане тип мечетей Бакинско-Апшеронского региона с большим центральным куполом и тремя нефами. Вместе с тем их родовые черты, такие, как купол на барабане, характерный силуэт парных высоких стройных минаретов свидетельствуют об общности происхождения и о воздействии, оказанном на формирование этого типа сооружений превращенной в мечеть церкви святой Софии в Константинополе. Несоответствие образцового проекта мечети 1829 года местным религиозным и архитектурным традициям вынудило духовное ведомство мусульман Кавказа отказаться от строительства мечетей по этому проекту. Этим объясняется разительное отличие мечетей Азербайджана от мечетей других регионов России. Развернувшееся в Азербайджане в конце XIX — начале ХХ века строительство мечетей по проектам получивших образование общеевропейского типа профессиональных зодчих велось с учетом вековых архитектурно-художественных традиций. Уважительное отношение российских властей к верованиям и чувствам нехристианского населения в целом оставалось нормой государственной политики.

В начале 1880-х годов в Баку начались поиски места для сооружения православного собора. В конечном итоге православное духовенство остановило выбор на заброшенном мусульманском кладбище. Однако губернское начальство отклонило предложение, мотивировав отказ нежеланием оскорблять религиозные чувства мусульман! В противоположность мусульманам, активно отстаивавшим специфику конфессионального облика своих культовых построек, буддисты создали свои первые храмы во многом благодаря контактам с русской культурой. На территории России буддизм исповедовали кочевые народы, наиболее крупными среди них были калмыки и буряты, до XVIII века не имевшие стационарных культовых зданий. Первые постоянные бурятские дацаны появились только в середине XVIII столетия и в своей объемно-планировочной композиции повторяли русские храмы в виде деревянных многоглавых центрических построек. Первый каменный буддийский храм в Анинеком дацане (1806-1808), с завершением, напоминавшим русский шатер, был выстроен с участием русских мастеров. Постепенно к середине XIX века вырабатывается специфический облик буддийских культовых сооружений с пирамидальным силуэтом и «Китайскими» кровлями с загнутыми углами, в котором прослеживается влияние культовой архитектуры Монголии и Тибета.